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- Epidendrum eburneum Rchb.f., (1867) : Ivory-colored Epidendrum, White Heart-shaped Lip Epidendrum
- Epidendrum echinatum Løjtnant, (1977).
- Epidendrum edwardsii Ames, (1932).
- Epidendrum elatum C.Schweinf., (1943).
- Epidendrum elcimeyae Hágsater & García-Cruz, (1999).
- Epidendrum elegantissimum F.Lehm. & Kraenzl., (1899).
- Epidendrum elleanthoides Schltr., (1920).
- Epidendrum ellemanniae Hágsater & Dodson, (2001).
- Epidendrum ellipsophyllum L.O.Williams, (1941).
- Epidendrum ellipticum Graham in W.J.Hooker, (1826). Subgen. Amphiglottium, Sect. Schistochila, Subs. Tuberculata (Reichenbach, p. 395)
- Epidendrum ellisii Rolfe, (1894).
- Epidendrum emarginatum Ruiz & Pav., (1798).
- Epidendrum embreei Dodson, (1982) : Embre's Epidendrum
- Epidendrum englerianum F.Lehm. & Kraenzl., (1899).
- Epidendrum envigadoense Hágsater, (1999).
- Epidendrum erectifolium Hágsater & L.Sánchez, (1993).
- Epidendrum eriksenii Hágsater & Dodson, (1993).
- Epidendrum erosum Ames & C.Schweinf., (1925).
- Epidendrum erythrostigma Hágsater, (1999).
- Epidendrum escobarianum Garay, (1967) : Escobar's Epidendrum
- Epidendrum espiritu-santense Dodson & R.Vásquez, (1989).
- Epidendrum estrellense Ames, (1923).
- Epidendrum euchroma Schltr., (1924).
- Epidendrum eugenii Schltr., (1920).
- Epidendrum eustirum Ames, F.T.Hubb. & C.Schweinf., (1935).
- Epidendrum evelynae Rchb.f., (1878).
- Epidendrum exaltatum Kraenzl., (1916).
- Epidendrum examinis S.Rosillo, (1984).
- Epidendrum excelsum C.Schweinf., (1970).
- Epidendrum excisum Lindl., (1844).
- Epidendrum exiguum Ames & C.Schweinf., (1930).
- Epidendrum exile Ames, (1923).
- Epidendrum eximium L.O.Williams, (1941) : Outstanding Epidendrum
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