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- Epidendrum dactyloclinium Hágsater & Dodson, (2001).
- Epidendrum dalessandroi Hágsater & Dodson, (2001).
- Epidendrum dalstromii Dodson, (1984) : Dalstrom's Epidendrum
- Epidendrum davidsei Hágsater, (1993).
- Epidendrum decurviflorum Schltr., (1920).
- Epidendrum delcastilloi D.E.Benn. & Christenson, (1998).
- Epidendrum delicatissimum Rchb.f., (1876).
- Epidendrum deltoglossum Garay & Dunst., (1966).
- Epidendrum dendrobii Rchb.f., (1850).
- Epidendrum dendrobioides Thunb., (1818).
- Epidendrum densiflorum Hook., (1840).
- Epidendrum densifolium Kraenzl., (1905).
- Epidendrum denticulatum Barb.Rodr., (1881) : Toothed Epidendrum
- Epidendrum dentilobum Ames, F.T.Hubb. & C.Schweinf., (1935).
- Epidendrum dermatanthum Kraenzl., (1905).
- Epidendrum dialychilum Hágsater & Dodson, (1993).
- Epidendrum dialyrhombicum Hágsater & Dodson, (2001).
- Epidendrum dichaeoides Carnevali & G.A.Romero, (1992).
- Epidendrum dichotomum C.Presl, (1827). Subgen. Amphiglottium, Sect. Schistochila, Subs. Tuberculata (Reichenbach, p. 392)
- Epidendrum difforme Jacq., (1760) : Different Epidendrum
- Epidendrum diffusum Sw., (1788).
- Epidendrum dilochioides L.O.Williams, (1940).
- Epidendrum diothonaeoides Schltr., (1916) : Diothona-like Epidendrum
- Epidendrum diphyllum Schltr., (1920).
- Epidendrum dipus Lindl., (1845).
- Epidendrum discoidale Lindl., (1853).
- Epidendrum dixiorum Hágsater, (1993) : Dix's Epidendrum
- Epidendrum dodii L.Sánchez & Hágsater, (2001).
- Epidendrum × doroteae P.H.Allen, (1958).
- Epidendrum dorsocarinatum Hágsater, (1984).
- Epidendrum dosbocasense Hágsater, (1992).
- Epidendrum dressleri Hágsater, (1987).
- Epidendrum duckei Porto & Brade, (1938 publ. 1940).
- Epidendrum dugandianum A.D.Hawkes, (1957).
- Epidendrum dunstervillei A.D.Hawkes, (1957).
- Epidendrum dunstervilleorum Foldats, (1967).
- Epidendrum dwyeri Hágsater, (1993).
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