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- Rail Center Nürnberg GmbH & Co. KG
- Rail Technology & Logistics - Magdeburg (RTuL)
- RBH Logistics GmbH (Gladbeck), formerly RAG Bahn und Hafen GmbH
- RbT Regiobahn Thüringen GmbH - Bleicherode, only infrastructure
- Regiobahn GmbH – regional railway company Kaarst-Neuss-Düsseldorf-Erkrath-Mettmann-Wuppertal mbH (Mettmann)
- Regionalbahn Kassel GmbH
- Rent-a-Rail AG (RAR)
- Rennsteigbahn GmbH & Co KG − heritage railway services on the Rennsteigbahn, tourist runs and goods traffic
- Rhein-Haardtbahn GmbH (RHB) (Elektrischer Betrieb)
- Rhein-Neckar-Verkehr GmbH (RNV)
- Rhein-Sieg-Eisenbahngesellschaft mbH (RSE) (Bonn)
- Rhein-Sieg-Verkehrsgesellschaft mbH (RSVG)
- Rhenus Veniro GmbH & Co. KG
- Rinteln-Stadthagener Verkehrs GmbH (RStV) (only goods traffic)
- Rügensche Kleinbahn GmbH & Co
- Röbel-Müritz-Eisenbahn GmbH
- RuhrtalBahn Betriebsgesellschaft mbH
- Rurtalbahn GmbH & Co KG (formerly Dürener Kreisbahn GmbH)
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