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- Eastwoodia Brandegee
- Eatonella A.Gray
- Echinacea Moench - coneflower
- Echinops L. - globethistle
- Eclipta L.
- Edmondia Cass.
- Egletes Cass.- tropic daisy
- Eitenia R.M.King & H.Rob.
- Ekmania Gleason
- Elachanthus F.Muell.
- Elaphandra Strother
- Elephantopus L. - elephantsfoot
- Eleutheranthera Poit. ex Bosc
- Ellenbergia Cuatrec.
- Elytropappus Cass.
- Emilia (Cass.) Cass. - tasselflower
- Emiliella S.Moore
- Encelia Adans. - brittlebush
- Enceliopsis (A.Gray) A.Nelson - sunray
- Endocellion Turcz. ex Herder
- Endopappus Sch.Bip.
- Engelmannia A.Gray ex Nutt. - Engelmann's daisy
- Engleria O.Hoffm.
- Enydra Lour - swampwort
- Epaltes Cass.
- Epilasia (Bunge) Benth.
- Episcothamnus H.Rob.
- Epitriche Turcz.
- Erato DC.
- Erechtites Raf - burnweed
- Eremanthus Less
- Eremosis (DC.) Gleason
- Eremothamnus O.Hoffm.
- Eriachaenium Sch.Bip.
- Ericameria Nutt. - goldenbush, heath goldenrod
- Ericentrodea S.F.Blake & Sherff
- Erigeron L. - daisy, fleabane
- Eriocephalus L.
- Eriochlamys Sond. & F.Muell.
- Eriophyllum Lag. - woolly sunflower
- Eriotrix Cass.
- Erlangea Sch.Bip.
- Erodiophyllum F.Muell.
- Erymophyllum Paul G.Wilson
- Eryngiophyllum Greenm.
- Erythradenia (B.L.Rob.) R.M.King & H.Rob.
- Erythrocephalum Benth.
- Espejoa DC.
- Espeletia Mutis ex Humb. & Bonpl. - frailejones, Venezuela, Colombia, Ecuador.
- Espeletiopsis Cuatrec.
- Ethulia L.f
- Eucephalus - Cascade Aster, eucephalus (?)
- Euchiton Cass. - cudweed
- Eumorphia DC
- Eupatoriastrum Greenm.
- Eupatorina R.M.King & H.Rob.
- Eupatoriopsis Hieron.
- Eupatorium L. - thoroughwort, snakeweed
- Euphrosyne DC
- Eurybia - Nees aster (?)
- Eurydochus Maguire & Wurdack
- Euryops (Cass.) Cass.
- Eutetras A.Gray
- Euthamia (Nutt.) Elliott - goldentop
- Eutrochium - Joe-Pye weed
- Evacidium Pomel
- Evax - pygmy cudweed (synonym of Filago L.)
- Ewartia Beauverd
- Ewartiothamnus Anderb.
- Exomiocarpon Lawalree
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